Wie jede andere Kaffeemaschine müssen auch Portionskaffeemaschinen regelmäßig entkalkt und gereinigt werden.
Die geschieht meistens per Hand oder durch ein eigenes Entkalkungsprogramm, wie bei der Krups , der Petra und der Portionskaffeemaschine von Stefano . Bei den spezielle Entkalkungsprogrammen der Hersteller erledigen die Maschinen alles auf Knopfdruck, ansonsten geht es auch per Hand mit handelsüblichen Bioentkalkern. Hier sollte aber jeder einen Blick in Seine Geräteanleitung werfen, denn da geben einige Hersteller spezielle Produkte zum Entkalken vor. Zum Reinigen der Brühkammer reicht es meist aus, sie mit Wasser auszuspülen, nur Melitta  gibt auch hier eine speziellen Reiniger vor. 

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